Jörg Frei erhielt in seiner Jugend Instrumentalausbildungen auf Klavier, Orgel und Kontrabass. Später erlernte er den Beruf des Orgelpfeifenmachers. Während seiner langjährigen Arbeit auf dem Orgelbau, entdeckte er seine Zuneigung zur Panflöte und begann professionell Panflöten zu bauen. Da die Panflöte eine grosse Ähnlichkeit mit der Orgel aufweist, konnte er sein ganzes Wissen über die Orgelpfeifen und die Klangbildung in den Bau dieser handgefertigten Instrumente einfliessen lassen.

Parallel zum Bau lernte er bei Jöri Murk das Instrument zu spielen. Sein Wissen gibt er seit 1985 an Panflötenschulen in verschiedenen Schweizer Städten weiter. Als Instrumentalist der Schweizer Panflötenszene tritt Jörg Frei solistisch und in verschiedensten Besetzungen auf. Auf der Panflöte mit ihrem weiten Ausdrucksspektrum geniesst er es, grosse Opernarien ebenso überzeugend zu gestalten wie auch klassisch gewordene volkstümliche Liebeslieder. Das Spektrum reicht von Folk, Jazz und Unterhaltungsmusik bis zur klassischen Musik. Des weiteren ist Jörg Frei immer offen für neue musikalische Experimente.