Alois Koch studierte Orgel am Konservatorium Winterthur und Dirigieren an der Musikakademie Luzern, deren Leitung er dann von 1987 bis 2001 innehatte. 1982 gründete er das Collegium Musicum der Jesuitenkirche Luzern. Als Rektor an der Hochschule für Musik lehrte er Dirigieren und Kirchenmusik. Er begründete die Zusammenarbeit mit dem Lucerne Festival. Zudem ist er Titularprofessor an der Universität Luzern.