Nach einem umfassenden Studium an der Musikhochschule Freiburg i.Br. als Stipendiat der Studienstiftung des Deutschen Volkes (A-Examen für katholische Kirchenmusik, Solisten-Diplom Orgel), Privatunterricht bei Daniel Roth in Paris und weiteren Studien in Germanistik und Philosophie widmete sich Christoph Maria Moosmann einer internationalen Karriere als Konzertorganist. Moosmann wurde u. a. von den Berliner und Bamberger Symphonikern, der Lettischen Staatsphilharmonie und dem Symphonieorchester des Norddeutschen Rundfunks als Solist eingeladen und gastierte in der Musashino Concert Hall Tokyo, im Konzerthaus Berlin, im Mozarteum Salzburg, auf internationalen Festivals und in vielen Domen und Kathedralen Europas. Seine Schwerpunkte sind die Musik des 20. und 21. Jahrhunderts sowie die französische Symphonik des 19. Jahrhunderts.

Moosmanns Einspielung der vier Symphonien op. 42 von Charles-Marie Widor wurde u. a. von der Pariser Zeitschrift Le Répertoire des disques compacts ausgezeichnet, und seine Arvo-Pärt-CD, erschienen bei New Albion Records San Francisco, erhielt in London, Paris und New York höchstes Lob der internationalen Presse. Moosmanns Diskographie umfasst ausserdem eine Gesamteinspielung der Orgelwerke von César Franck, die jeweils einzige Aufnahme des monumentalen Zyklus «Superverso per organo» von Ernst Helmuth Flammer und des Hieronymus-Bosch-Zyklus von Horst Lohse mit den Bamberger Symphonikern und Robert Hunger-Bühler (NEOS) sowie die Gesamteinspielung der Orgelwerke von Horatiu Radulescu (Mode Records New York).

Als Gründer und künstlerischer Leiter des festival religio musica nova war Christoph Maria Moosmann Ideen- und Auftraggeber bedeutender Werke zeitgenössischer geistlicher Musik, wie etwa für «Cinerum» von Horatiu Radulescu (UA: Hilliard Ensemble) und «Immaculata» von Sir John Tavener, uraufgeführt vom Rundfunkchor Berlin und dem Zürcher Kammerorchester am 8. Dezember 2007 im Grossmünster Zürich mit Christoph Maria Moosmann an der Orgel.

Moosmanns Hildegard-Liturgie «Antiphona» für Sopran, Orgel und Licht erlebte fast zwei Dutzend Aufführungen im In- und Ausland. Hingegen fiel die speziell für die Collégiale St.Germain de Moutier komponierte  multimediale Messe «In Die Sancti Germani Abbatis» nach drei Jahren künstlerischer und administrativer Arbeit, trotz gesicherter Finanzierung und internationaler Resonanz schon vor der Uraufführung der kirchlichen Cancel Culture zum Opfer.

2010/11 war Moosmann ständiger Gastdirigent des Philharmonischen Orchesters Lugansk und feierte mit Tschaikovskys 5. Symphonie, Strauss’ Don Juan oder Gija Kanchelis 7. Symphonie standing ovations.

Derzeit arbeitet Moosmann an einer Gesamteinspielung von L’Orgue Mystique von Charles Tournemire.

Christoph Maria Moosmann war Organist der Universitätskirche Freiburg i. Br., Hauptorganist der Stadtkirchen St. Nikolaus Wil SG und Maria Frieden Dübendorf, Organiste Titulaire de la Collégiale St-Germain de Moutier und ist seit März 2019 Hauptorganist an St. Georg und Zeno in Arth.