Geboren 1962 in Chur. Er studierte Orgel bei Janine Lehmann und Rudolf Scheidegger, Musiktheorie bei Hans Ulrich Lehmann sowie Musikwissenschaft, Kunstgeschichte und Geschichte an der Universität Zürich. Weiterbildenden Orgelunterricht besuchte er bei Pierre Cogen in Paris.

Seit 1989 ist er Organist der reformierten Stadtkirche St.Martin und der Regulakirche in Chur. Zudem unterrichtet er an der Pädagogischen Hochschule Graubünden in Chur und anderen Institutionen. Er konzertiert als Organist und betreut die von ihm 1993 gegründete Reihe Churer Orgelkonzerte auf den historischen Orgeln der Stadt Chur. Ferner widmet er sich dem Komponieren in verschiedenen Genres.

Daneben ist Stephan Thomas als Kulturautor tätig. Als solcher schreibt er für verschiedene Medien über die Themen Musik, Gastronomie und Wein.