Nach dem verheerenden Grossbrand vom 3. April 1910 musste das gesamte Kollegium inklusive Kirche neu aufgebaut werden. Die Firma Goll aus Luzern erhielt den Auftrag für eine neue Orgel. Das spätromantische, dreimanualige Instrument mit 37 Registern, als Opus 400 im Jahre 1912 erbaut, wurde mit Taschenladen und einer rein pneumatischen Spiel- und Registertraktur versehen. Die ursprüngliche Disposition und Konzeption entsprachen der deutschen Spätromantik. Am Sonntag, 27. April 1913, fand dann in einem Gottesdienst mit Chor, Orchester und Orgel die feierliche Weihe statt.

Von Anfang an wurde die Kollegiorgel als besonders prestigeträchtiges Werk verstanden. 1915 erklärte Musikdirektor W. Krieg in einem Zeitschriftenartikel, es handle sich um «ein Kunstwerk und Denkmal schweizerischer Orgelbaukunst allererster Klasse». In der Tat scheint die Orgel sowohl für das Kollegium wie für die Orgelbauer von besonderer Bedeutung gewesen zu sein, denn die Orgel verliess die Orgelwerkstätte Goll als Jubiläumsorgel zum 75sten Firmenjubiläum. Um diesem Anlass besonderen Ausdruck zu verleihen, manipulierte die Firma im Auftragsbuch sogar die Opusnummer: Die ursprüngliche Nummer 394 wurde durch die runde Zahl 400 ersetzt, wohl um das Werk als besonders wichtig hervorzuheben. Auf dem Firmenschild im Spieltisch steht denn auch: «Goll & Cie., Orgelbaugeschäft, Luzern, Op. 400, 1912». So konnte sich das Kollegium rühmen, weit herum über die modernste, schönste und grösste Orgel zu verfügen.

Im Zuge der Orgelbewegung wurde das Instrument im Jahre 1955 umgebaut und klanglich verändert. Die Disposition sollte also dem damaligen Zeitgeschmack angepasst werden. Das Vorgehen ist aus jenen Jahren leider nur allzu bekannt: Die Streicherregister wurden als «zu romantisch» eliminiert, machten hoch liegenden Mixturen oder Aliquoten Platz oder endeten umgebaut als 4'-Prinzipale.

Spätestens mit der Umwandlung des Kollegiums in eine Kantonsschule 1972 verloren die Kirche und mit ihr die Goll-Orgel ihre Bedeutung. Obschon der Unterhalt vernachlässigt wurde, blieb das Instrument aber jederzeit spielbar.

Auf den 100. Geburtstag des wertvollen Instrumentes konnte die langersehnte Restaurierung samt Rückversetzung in den klanglichen Urzustand durchgeführt werden. Der Freundeskreis Kollegiorgel Schwyz konnte durch eine grosszügiges Legat und viele Spenden einen namhaften Beitrag an die Restaurierung leisten. Die Orgelwerkstatt Christian Scheffler aus Sieversdorf (D), spezialisiert für die Restaurierung und Rekonstruktion pneumatischer Orgeln, führte die Arbeiten aus. Am 24. Juni 2012 fand die Einweihung statt.

Seit einigen Jahren erscheinen wieder vermehrt die Werke unbekannter Komponisten des 19. Jahrhunderts im Repertoire vieler Organisten. Nachdem diese Musik jahrzehntelang bei Orgellehrern und Experten auf Ablehnung und Missachtung stiess, schöpfen heute wieder viele Organisten aus dem reichhaltigen und immensen Fundus jener Zeit. Im Zeitalter der Orgelbewegung mussten leider viele Orgeln, wie sie zur Interpretation jener Werke notwendig sind, sogenannten barocken Orgeln weichen. Die Intonation barocker Orgeln wird aber dem Klangideal der Romantik in keiner Weise gerecht. Bedauerlicherweise haben nur wenige «Königinnen» diese Phase überdauert.

Da man sich des historischen Wertes dieser Orgeln heutzutage bewusst ist, kann die Wertschätzung unserer Kollegiorgel nicht hoch genug ausfallen, ist sie doch nebst der Orgel in der reformierten Kirche in Flawil/SG und derjenigen in der Englischen Kirche in Luzern (unspielbar) die letzte III-manualige Goll-Orgel jener Schaffensperiode.

Zudem befindet sie sich noch in einem Raum, dessen wunderbare Akustik schon 1912 nur höchstes Lob erhielt, und mit welchem die Orgel auch optisch eine äusserst gelungene Einheit bildet.

Die Orgel ist heute ein nationales Orgelbaudenkmal, ist sie doch eine der letzten erhaltenen grossen dreimanualigen Gollorgeln aus der Spätromantik.